Colombia es un país de grandes ríos y enormes recursos hidrográficos. El territorio se divide entre cinco grandes vertientes hidrográficas: Caribe, Catatumbo, Amazonas, Orinoco y Pacífico.

La vertiente del Caribe tiene 435.000 km². En el fondo es la más importante de Colombia. Sus ríos son largos, ya que nacen en el interior de las montañas y se dirigen a la costa donde están los puertos que ponen a Colombia en comunicación con Europa y América del Norte. Su principal río es el Magdalena, que con su afluente el Cauca, forman el sistema fluvial de mayor importancia de Colombia. El Magdalena es el río de la Patria. Nace en la laguna de la Magdalena, en el páramo de las Papas (Macizo Colombiano) a 3.685 m de altura. Su longitud es de 1.558 km, de los cuales son navegables 1.290, interrumpidos en el salto de Honda. Recibe las aguas de cerca de 500 afluentes, entre los que están el Cesar, San Jorge, Carare, Sogamoso, Lebrija, Saldaña, Bogotá, Negro, Sumapaz, Guarinó, Lagunilla, La Miel, Magdalena y Nus. Sus principales puertos son Barranquilla, La Dorada, Puerto Berrío, Barrancabermeja, Puerto Wilches, Magangué, El Banco y Girardot. Está comunicado con el puerto marítimo de Cartagena a través del canal del Dique, de 105 km de longitud.

El Cauca es el más importante de los afluentes del Magdalena, con una longitud total de 1.350 km, de los cuales son navegables 620 km. Nace en la laguna del Buey, en el Macizo Colombiano. En su curso medio se encuentra una de las zonas más fértiles del país.

Otro río importante de la vertiente del Caribe es el Atrato, que desemboca en el golfo de Urabá y recibe afluentes como el Sinú y el Ranchería. Es la principal vía de comunicación del Chocó. Tiene 750 km de largo, y son navegables 500 km. Nace en el cerro Plateado, en la cordillera Occidental. Los afluentes más destacados son: el Riosucio, el Murri, el Arquía y el Truandó. Su principal puerto es Quibdó.

El río Sinú es tributario del Atrato. Con una longitud de 345 km, es navegable en 200 km, hasta Montería, su puerto principal. Nace en el nudo de Paramillo y desemboca en la bahía de Cispatá (golfo de Morrosquillo).

Los ríos que nacen en la Sierra Nevada de Santa Marta saltan al mar en poco más de 40 km, y desde más de 4.000 m de altitud. Son ríos cortos y torrentosos, aprovechables para la producción de energía hidroeléctrica. Los ríos más destacados de esta cuenca son: el Fundación, el Ranchería o Riohacha y el Cesar, que entrega sus aguas al Magdalena, a través de la laguna de Zapatosa. Otros ríos menores vierten sus aguas directamente al mar Caribe.

La vertiente del Catatumbo tributa sus aguas al Lago de Maracaibo, en Venezuela, y tiene 18.500 km². Son unos pocos ríos, cortos que nacen en la serranía de Perijá y en la cordillera Oriental. Sus principales ríos son Catatumbo, Sardinata, Tarra, Táchira, Cucutilla, San Miguel, Garumito y Río de Oro.

La vertiente del Amazonas es la mayor del mundo, y a Colombia le corresponde aproximadamente 332.000 km². Comprende los ríos más largos y caudalosos, lo que, paradójicamente, dificulta la navegación debido a los rápidos. Estos ríos bañan las regiones llanas y selváticas de la Amazonia, desaguando definitivamente fuera de las fronteras colombianas. A Colombia le corresponden sólo 116 km del Amazonas, que se encuentran al sur del trapecio amazónico, donde marca los límites con Brasil. El puerto más importante del Amazonas, en Colombia, es Leticia. Los principales ríos de esta vertiente son el Negro, Putumayo, Caqueta, Vaupés, Guainia, Caguán, Orteguaza, Yarí, Cahuinari, Igara y Paraná.

El río Negro, o Guainía, nace en el departamento homónimo, en plena selva. Tiene 2.000 km de curso, de los cuales 650 corresponden a territorio colombiano. Son navegables los 200 km de estos últimos. Marca los límites entre Colombia, Venezuela y Brasil.

El río Putumayo es fronterizo de Colombia con Perú y con Ecuador. Nace en el nudo de los Pastos, recorre 2.000 km, 1.500 de ellos en Colombia. Son navegables 1.650 km en total. Su principal afluente es el Guamués.

El río Caquetá nace en el páramo de las Papas y recorre 2.200 km, de los cuales 1.200 km corresponden a Colombia y el resto a Brasil. Es navegable en 1.700 km, interrumpidos por los rápidos de Araracuara. Sus principales afluentes son: el Apaporis, el Caguán y el Orteguaza.

El río Vaupés nace de la confluencia de los ríos Unilla e Itilla, en el departamento de su nombre. Tiene 1.000 km de curso, navegables de forma interrumpida.

La vertiente del Orinoco tiene 263.000 km². Sus ríos nacen en la cordillera Oriental. El Orinoco hace de frontera con Venezuela durante 250 km. El Orinoco nace en los límites entre Brasil y Venezuela, en la sierra Parima; su longitud total es de 2.900 km, de los cuales son navegables 1.930 km. En Colombia es navegable por embarcaciones mayores, pero se ve interrumpido por los rápidos de Atures y Maipures. Sus principales afluentes son el Arauca, Meta, Vichada, Guaviare, Inirida, Ariari, Guayabero, Casanare, Tomo, Cusiana, Tuparro y Guarrojo.

El río Arauca tiene una longitud de unos 1.000 km, y son navegables 510. Marca límites con Venezuela en 280 km. Recorre en Colombia 400 kms

El río Meta es el principal río de los Llanos Orientales colombianos. Tiene una longitud de 1.200 km, y son navegables 900 km, desde Puerto López. Sirve de vía de comunicación con Venezuela. Tiene sus fuentes en los ríos Humea, Guayuriba y Guatiquía, los cuales nacen en el páramo de Sumapaz, en la cordillera Oriental. Entre sus afluentes figuran el Cravo Sur, el Casanare, el Cusiana, el Upía y el Manacacías, entre otros.

El río Vichada nace en pleno llano, en el departamento del Meta. Su longitud es de 700 km, de los que son navegables cerca de 450.

El río Guaviare surge tras la confluencia de los ríos Ariari y Guayabero, los cuales nacen en la cordillera Oriental. Tiene una longitud de 1.350 km, de los que son navegables 620, pero tiene muchos rápidos. Su principal afluente es el Inírida.

La vertiente del Pacífico tiene 90.000 km². Suma más de 200 ríos. Se caracteriza por su altísima pluviosidad, ríos cortos y caudalosos, debido a la cercanía de las montañas (la cordillera Occidental y de las serranías del Baudó y del Pacífico) a la costa. Entre los principales ríos están:

El río San Juan, el más importante y el más caudaloso de los ríos pacíficos de Suramérica. Nace en el cerro de Caramanta y recorre 380 km, de los cuales son navegables 200. Afluentes importantes son el Condoto, y el Calima. El puerto principal es Negría. Sigue una dirección sur, opuesta al Atrato, del que lo separa el istmo de San Pablo.

El río Patía, que con sus 400 km es el río más extenso de la vertiente pacífica en toda Suramérica, de los cuales sólo 90 son navegables. Su principal afluente es el Telembí.

El río Baudó, de 150 km, navegable en 80, y que nace en la serranía de su nombre.

El río Mira, que nace en Ecuador, país con el que marca límites. En Colombia corren 88 km del total de su curso. Es navegable en toda su extensión. Transcurre por regiones selváticas, y muy poco pobladas.

Otros ríos importantes son: Micay, Dagua, Anchicayá, Yurumanguí, Naya, Guapí, Iscuandé y Mataje.

Los ríos más caudalosos de Colombia, en su desembocadura son:

* Río Caquetá, 12.000 m³/s
* Río Magdalena, 7.000 m³/s
* Río Putumayo, 6.700 m³/s
* Río Guaviare 6.400 m³/s
* Río Meta 5.000 m³/s
* Río Atrato 4.500 m³/s

Las aguas lacustres están constituidas por lagunas situadas en las cuencas intermontañosas y por ciénagas aledañas a los cursos bajos de los grandes ríos. En la cordillera Oriental se presenta el mayor número de lagunas. Las más extensas son las de Tota, en Boyacá, y la de Fúquene, en Cundinamarca. Otras son las de Chisaca, Ubaque, Siecha, Guativita, Iguaque, Suesca, Cucunubá y muchas más. Los embalses más importantes son los de Tomine, Sisga y Neusa, en Cundinamarca; Calima, en el Valle del Cauca; Guadalupe y Río Grande, en Antioquia; y Río Prado, en Tolima.

Las ciénagas más importantes son las de Zapatosa, en el río Cesar; las de Chilloa, Sapayán, San Antonio y Simití, en el río Magdalena; las de Tadía, Opogadó, la Rica, y Tumaradó, en el río Atrato; las de Ayapel, Punta de Blanco y Carete, en el río San Jorge; las de Betanci y Grande, en el río Sinú; y las de San Lorenzo, La Raya y Redonda, en el río Cauca. La más grande de todas es la ciénaga Grande de Santa Marta.

Las aguas subterráneas son muy abundantes. Las mas conocidas son las aguas termales de Boyaca, Purace (en el Cauca), Nevado del Ruiz, Santa Rosa de Cabal y las de la región de Cundinamarca.